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七月桂林陷。从平乐经江西而归”正与诗注合。则密之最初落发，殆即在梧州之云盖寺。”
按：方以智出家后无常名，称“无可”、称“五老”、称“药地”、称“墨历”此非好奇，亦是避逻者耳目。“药公”乃愚山对方的尊称，浮山则为桐城的别名。
余英时以为方以智至庐山后，即挂单归宗寺，引施愚山初至归宗寺同药公作诗为证。此则不然，方以智归宗寺不过暂驻而已，旋即还里。其时在顺治九年之冬，侯方域与方密之书，一则曰：“往在昆陵，陈子定生私以问仆云：‘密之之还，何也。’”侯方域访陈贞慧于宜兴在是年冬天，年内还家。而此时陈已知方还里，则计途程，不可能在归宗寺久驻。再则曰：“归雪苑，遇何次德，具为述密之还里月日甚详。”何次德名杲，桐城人，在是年冬天与侯相会于商丘，而述“密之还里月日甚详”更为方以智已归桐城的确证。
方以智于顺治九年南归，其最初托迹之处，于考定其生平殊有关系。余著方以智晚节考，以为有自平乐归后，即在匡庐挂锡，其实不然，已如前述。为补余著之疏，进一步略考方南归后初期的行踪如下：
一、施愚山无可大师六十序云：“余昔奉使，经苍梧至匡庐同游五老、三垒间，旬日始别。”
按：旬日始别者，非仅施别于方，亦方别于施。两人“从平乐经江西而归”同游庐山后，施北上回京复命，方则东归桐城。
二、归桐城未几，即去金陵，在高座寺坐关。侯方域与方密之书，自道在宜兴时，即闻方“止于高坐寺”又送何子归金陵序末有语：“今闻于高生寺为僧，何子归，试以语之。”此何子，亦为侯方域“述密之还里月日甚详”的“何三次德”何次德，行三，名杲。
按：序中着一“闻”字，显见得方以智在高坐寺，非何杲告于侯方域者，甚至亦非何杲所知，以意测度，方以智既已出家，无在俗家久住之理，到桐城后，亦必择一古刹挂单，还家一谒老父，嘱咐妻子尽心侍养，旋即飘然远引，止于金陵高座寺。或者何杲亦不及知。
余著用力甚勤，何以独于此节疏忽？当是为清史稿所误。清史稿-方以智传“其闭关高坐时也”云云，已见前引。而此传实采自马其昶桐城耆旧传，原文为“先生闭关高座寺也”落一“寺”字，遂大有出入。因为“高坐”或作“高座”原为禅门用语之一，讲经说法，例必高坐，虽落一“寺”字，文义依旧可通，因而余君偶然放过。
侯方域所说的“高坐寺”应为“高座寺”以送何子归金陵序证之，此寺确在金陵。但查嘉庆一统志、清凉山志，以及实用佛学辞典，均无此寺。但高僧传有慧进者，驻锡“京师高座寺”卒于齐武帝永明三年，年八十五。此京师即金陵，原来高座寺乃“南朝四百八十寺”之一。六朝古刹，至清犹存，应该亦是有名的丛林，熟于僧史者，必能述其涯略。但可决其必非天界寺，因为天界寺建于明洪武中，非六朝之遗。
方以智晚年逃禅，虽示不仕清的决心，亦以俗缘未断，只觉君亲两不可负。至于对恢复明室，经过弘光、永历两个年号，实已灰心。因此，康熙十年被逮，说是“密之罪状，必属谋反”之类，亦颇有商榷的余地。
方以智晚年定居江西吉州青原山净居寺，死于康熙十年，历来皆不知其死因。邓石如辑清诗记事初编，叙方以智次子中通生平，兼及其父云：
“以智晚年住持庐陵县河南十里青原山，康熙十年辛亥，以事被累入粤，卒于道中今读此集陪诗卷四为惶恐集，纪其事甚详。‘惶恐’者，以智卒于万安舟中，即文山集之惶恐滩也。中通亦在桐城就逮，事历二年，经皖、赣、粤三省，赖周亮工营救得白，又以他事坐系获释。究为何事，一字未及。”
七月桂林陷。从平乐经江西而归”正与诗注合。则密之最初落发，殆即在梧州之云盖寺。”
按：方以智出家后无常名，称“无可”、称“五老”、称“药地”、称“墨历”此非好奇，亦是避逻者耳目。“药公”乃愚山对方的尊称，浮山则为桐城的别名。
余英时以为方以智至庐山后，即挂单归宗寺，引施愚山初至归宗寺同药公作诗为证。此则不然，方以智归宗寺不过暂驻而已，旋即还里。其时在顺治九年之冬，侯方域与方密之书，一则曰：“往在昆陵，陈子定生私以问仆云：‘密之之还，何也。’”侯方域访陈贞慧于宜兴在是年冬天，年内还家。而此时陈已知方还里，则计途程，不可能在归宗寺久驻。再则曰：“归雪苑，遇何次德，具为述密之还里月日甚详。”何次德名杲，桐城人，在是年冬天与侯相会于商丘，而述“密之还里月日甚详”更为方以智已归桐城的确证。
方以智于顺治九年南归，其最初托迹之处，于考定其生平殊有关系。余著方以智晚节考，以为有自平乐归后，即在匡庐挂锡，其实不然，已如前述。为补余著之疏，进一步略考方南归后初期的行踪如下：
一、施愚山无可大师六十序云：“余昔奉使，经苍梧至匡庐同游五老、三垒间，旬日始别。”
按：旬日始别者，非仅施别于方，亦方别于施。两人“从平乐经江西而归”同游庐山后，施北上回京复命，方则东归桐城。
二、归桐城未几，即去金陵，在高座寺坐关。侯方域与方密之书，自道在宜兴时，即闻方“止于高坐寺”又送何子归金陵序末有语：“今闻于高生寺为僧，何子归，试以语之。”此何子，亦为侯方域“述密之还里月日甚详”的“何三次德”何次德，行三，名杲。
按：序中着一“闻”字，显见得方以智在高坐寺，非何杲告于侯方域者，甚至亦非何杲所知，以意测度，方以智既已出家，无在俗家久住之理，到桐城后，亦必择一古刹挂单，还家一谒老父，嘱咐妻子尽心侍养，旋即飘然远引，止于金陵高座寺。或者何杲亦不及知。
余著用力甚勤，何以独于此节疏忽？当是为清史稿所误。清史稿-方以智传“其闭关高坐时也”云云，已见前引。而此传实采自马其昶桐城耆旧传，原文为“先生闭关高座寺也”落一“寺”字，遂大有出入。因为“高坐”或作“高座”原为禅门用语之一，讲经说法，例必高坐，虽落一“寺”字，文义依旧可通，因而余君偶然放过。
侯方域所说的“高坐寺”应为“高座寺”以送何子归金陵序证之，此寺确在金陵。但查嘉庆一统志、清凉山志，以及实用佛学辞典，均无此寺。但高僧传有慧进者，驻锡“京师高座寺”卒于齐武帝永明三年，年八十五。此京师即金陵，原来高座寺乃“南朝四百八十寺”之一。六朝古刹，至清犹存，应该亦是有名的丛林，熟于僧史者，必能述其涯略。但可决其必非天界寺，因为天界寺建于明洪武中，非六朝之遗。
方以智晚年逃禅，虽示不仕清的决心，亦以俗缘未断，只觉君亲两不可负。至于对恢复明室，经过弘光、永历两个年号，实已灰心。因此，康熙十年被逮，说是“密之罪状，必属谋反”之类，亦颇有商榷的余地。
方以智晚年定居江西吉州青原山净居寺，死于康熙十年，历来皆不知其死因。邓石如辑清诗记事初编，叙方以智次子中通生平，兼及其父云：
“以智晚年住持庐陵县河南十里青原山，康熙十年辛亥，以事被累入粤，卒于道中今读此集陪诗卷四为惶恐集，纪其事甚详。‘惶恐’者，以智卒于万安舟中，即文山集之惶恐滩也。中通亦在桐城就逮，事历二年，经皖、赣、粤三省，赖周亮工营救得白，又以他事坐系获释。究为何事，一字未及。”